8년 이상 장기임대 놓은 내 주택, 50% 장기보유공제 가능할까?

장기일반민간임대주택을 8년 이상 임대했다면, 일정한 요건을 충족할 때 양도소득세를 계산하면서 **임대기간 중 발생한 양도차익의 50%**를 공제받을 수 있습니다. 다만 같은 8년을 임대했더라도 주택 유형과 등록 시기에 따라 적용 결과가 달라집니다. 임대보증금과 월세를 언제, 얼마나 올렸는지도 살펴야 합니다.

장기보유특별공제는 부동산 등을 팔아 생긴 세법상 이익인 양도차익에서 일정 금액을 빼 주는 제도입니다. 이 글에서는 장기일반민간임대주택을 중심으로 「조세특례제한법」 제97조의3의 적용 요건과 자주 문의하는 사례를 살펴보겠습니다.

1. 어떤 주택이 특례 대상인가요?

먼저 주택 유형과 등록일을 확인해야 합니다.

표의 공제율은 해당 등록 요건과 아래의 나머지 요건을 모두 충족했을 때 적용합니다. 민간매입임대주택 중 2020년 7월 11일 이후 아파트를 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우는 종전 특례 대상에서 제외됩니다. 종전의 단기민간임대주택을 같은 날 이후 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 경우도 제외됩니다.

• 등록 요건을 충족하려면 소득세법상 거주자에 해당하고, 지방자치단체에 임대주택을 등록하는 한편 세무서에도 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록을 해야 합니다.
• 임대기간 요건은 해당 규정에 따라 8년 또는 10년 이상 등록을 유지하고, 등록기간 중 인정되는 임대기간을 채우는 것이 원칙입니다. 자동말소와 단기임대 전환의 경우 별도의 계산 규정이 적용될 수 있습니다.
• 임대료 요건에 따라 임대보증금이나 월세의 증가율은 5%를 초과할 수 없습니다. 직전 임대차계약을 체결하거나 약정한 보증금·월세를 올린 뒤 1년 이내에는 5% 이내라도 증액을 청구할 수 없습니다.
• 면적 요건은 국민주택규모 이하입니다. 일반적으로 전용면적 85㎡ 이하이며, 수도권 밖의 도시지역이 아닌 읍·면은 100㎡ 이하입니다. 다가구주택은 가구별 전용면적을 기준으로 판단합니다.
• 가격 요건을 판단할 때는 임대개시일 현재 주택과 그에 딸린 토지의 기준시가, 즉 세법상 평가에 사용하는 가격을 합산합니다. 한도는 수도권 6억 원, 수도권 밖 3억 원입니다. 종전 규정 적용 대상은 2018년 9월 14일 이후 취득분에 대한 기준과 취득 당시 경과규정을 함께 확인해야 합니다.

2. 50%·70%는 어느 금액에 적용하나요?

특례 공제율은 세법상 인정되는 임대기간에 해당하는 양도차익에 적용합니다. 예를 들어 전체 양도차익이 2억 원이고, 그중 임대기간에 해당하는 양도차익이 1억 원이라면 50% 특례에 따른 공제액은 5,000만 원입니다. 이 금액을 양도차익에서 차감한 뒤 세금을 계산합니다.

3. 임대기간 중 양도차익은 어떻게 계산하나요?

임대기간의 시작일은 원칙적으로 세무서 사업자등록일, 지방자치단체의 장기일반민간임대주택 등록일, 실제 임대를 시작한 날 가운데 가장 늦은 날입니다. 임대기간 중 양도차익을 구할 때는 전체 보유기간의 기준시가 변동분에서 임대기간의 기준시가 변동분이 차지하는 비율을 사용합니다. 시행령에 명시된 산식을 풀어 쓰면 다음과 같습니다.

임대기간 중 양도차익 = 전체 양도차익 × (임대기간 마지막 날의 기준시가 − 임대개시일의 기준시가) ÷ (양도일의 기준시가 − 취득일의 기준시가)

종전 8년형 아파트에서 의무임대기간이 끝난 날과 지자체가 자동말소를 처리한 날이 다를 수 있습니다. 이재홍 세무사는 참고 칼럼에서 처리일이 늦었다면 의무임대기간이 끝난 시점의 기준시가를 적용하는 것이 타당하다고 보았습니다. 개별주택의 경우에는 전체 양도차익과 개별주택가격을 각각 토지와 건물로 나눈 뒤, 임대기간 중 양도차익도 각각 계산해야 한다는 견해를 제시했습니다.

임대기간 밖에 해당하는 양도차익은 「소득세법」상 일반 장기보유특별공제 대상이라면 취득일부터 양도일까지의 보유기간으로 공제율을 정합니다. 일반 공제율인 같은 법 제95조 제2항 표 1이 적용되는 경우, 3년 이상 보유 시 6%부터 시작해 보유기간에 따라 올라가며 최대 30%입니다.

4. 단기임대에서 장기임대로 바꿨다면 어떻게 계산하나요?

단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택으로 전환했다면, 변경등록일에 따라 단기로 임대한 기간의 일부 또는 전부를 인정받을 수 있습니다.

2019년 2월 12일 현재 단기임대주택을 8년 넘게 임대했다면 종전 규정으로 계산합니다. 양도차익 계산에 사용할 임대개시일은 인정받는 단기임대기간만큼 변경등록일에서 거슬러 올라가 정합니다. 예를 들어 단기임대기간 중 3년이 인정된다면 장기임대로 전환한 날의 3년 전을 기준으로 봅니다(사전법규재산 2021-1563, 2023. 6. 1.).

5. 자동말소로 실제 임대기간이 8년보다 짧다면 어떻게 되나요?

종전 8년형 아파트를 먼저 등록하고 나중에 임대를 시작했다면, 의무임대기간이 끝나 등록이 자동말소될 때까지 실제로 임대한 기간이 8년에 못 미칠 수 있습니다.

국세청은 해당 아파트가 법에 따라 자동말소된 사례에서 종전 시행령에 따라 8년 임대기간 요건을 충족한 것으로 본다고 해석했습니다. 이 경우 나머지 요건을 충족했다면 임대기간 중 양도차익에 50% 공제율을 적용받을 수 있습니다(사전법규재산 2024-768, 2024. 12. 31.).

6. 임대료 5% 제한은 어느 계약부터 판단하나요?

장기일반민간임대주택으로 등록한 경우에는 등록 후 작성한 표준임대차계약을 최초 계약으로 봅니다(기획재정부재산-527, 2018. 6. 18.).

종전 「임대주택법」에 따라 단기 매입임대주택으로 등록해 임대하다가 장기일반민간임대주택으로 전환한 사례에서는 변경등록 당시 유효한 표준임대차계약을 최초 계약으로 보았습니다(사전법령해석재산 2019-305, 2019. 10. 31.).

7. 분양권 상태에서 임대등록한 주택도 대상인가요?

거주자가 분양권 상태에서 2020년 12월 31일까지 장기일반민간임대주택으로 등록하고, 이후 해당 주택을 양도할 때 종전 특례의 요건을 모두 충족했다면 공제를 적용받을 수 있다는 해석이 있습니다(서면법규재산 2021-8203, 2023. 2. 13.). 2020년 7월 11일 이후 아파트 등록 신청과 단기임대 전환에 관한 제외 규정도 함께 확인해야 합니다.

8. 의무임대기간이 끝난 뒤에도 양도할 때까지 임대해야 하나요?

의무임대기간 동안 계속 임대하면서 특례 요건을 모두 충족한 사례에서, 국세청은 양도 시점에 장기일반민간임대주택 등록과 임대가 유지되지 않아도 특례를 적용할 수 있다고 해석했습니다(서면법규재산 2021-8062, 2022. 3. 16.). 의무임대기간이 끝난 뒤 임대료를 변경했거나 주택의 사용 방식이 달라졌다면, 해당 해석과 사실관계가 같은지 확인할 필요가 있습니다.

9. 양도 전에 추가로 살펴볼 사례

상황 별 확인해야 할 내용

공동명의로 등록한 주택: 공동명의로 1호 이상을 임대등록하고 각 공동사업자가 특례 요건을 모두 갖췄다면, 각자가 양도한 지분의 양도차익에 특례를 적용할 수 있습니다(기획재정부재산-766, 2020. 9. 3.).

주택과 토지의 소유자가 다른 경우: 임대주택 건물 부분에 한해 특례를 적용할 수 있습니다(기획재정부조세정책-2527, 2023. 12. 27.).

이혼에 따른 재산분할 또는 상속: 재산분할로 취득했다면 전 배우자의 임대기간을 제97조의3과 제97조의5의 임대기간에 합산할 수 없습니다. 상속의 경우에는 피상속인, 즉 재산을 물려준 사람의 임대기간을 합산하는 규정을 확인합니다(서면법규재산 2023-3481, 2025. 3. 10.).

배우자에게서 증여받은 아파트: 2020년 7월 11일 이후 배우자로부터 아파트형 장기일반민간임대주택을 증여받은 사례에서는 임대사업자 지위를 포괄승계한 경우에도 특례를 적용할 수 없다고 보았습니다(기획재정부재산-954, 2024. 8. 19.).

잔금을 받기 전에 상가로 바꾼 주택: 매매특약에 따라 잔금 청산 전에 주택을 상가로 용도변경한 사례에서는 양도 당시 상가에 해당해 특례를 적용할 수 없다고 보았습니다(서면법규재산 2021-1411, 2022. 12. 28.).

재건축으로 조합원입주권을 양도하는 경우: 8년 이상 임대한 주택이 법령에 따라 자동말소된 뒤 조합원입주권으로 바뀌어 양도된 사례에서는 특례 적용이 가능하다고 보았습니다. 정비사업에서 조합원 분양 계획 등을 확정하는 관리처분계획의 인가 이후에도 철거 전까지 실제 주거용으로 계속 임대한 기간은 의무임대기간에 포함될 수 있습니다. 공제 대상 양도차익은 관리처분계획 인가 전에 발생한 부분으로 한정합니다(서면법규재산 2023-2731, 2023. 11. 30. 및 사전법규재산 2025-1012, 2025. 11. 28.).

다주택자 양도세 중과 대상이 될 수 있는 경우: 이미 국내에 주택을 보유한 세대가 2018년 9월 14일 이후 조정대상지역에서 새로 취득한 장기일반민간임대주택은 의무임대기간을 채웠더라도 해당 임대주택 중과 배제 규정을 적용받지 못할 수 있습니다. 중과가 적용되면 주택 수에 따라 기본세율에 20%포인트 또는 30%포인트가 더해지고 일반 장기보유특별공제가 제한됩니다. 이재홍 세무사는 이 경우에도 제97조의3의 요건을 충족했다면 임대기간 중 양도차익에 대한 특례 공제가 가능하다는 견해를 제시했습니다. 칼럼은 이를 뒷받침하는 유권해석이 확인되지 않았다고 밝혔습니다.

8년형 아파트를 자동말소 후에도 계속 임대한 경우:자동말소 뒤에도 계속 임대해 실제 임대기간이 10년 이상이 되더라도, 해당 사례의 공제율은 50%입니다(서면법령해석재산 2020-3286, 2021. 5. 11.).

위 사례는 해당 해석의 사실관계를 전제로 합니다. 특히 다주택자 중과 여부는 양도 시점의 조정대상지역 지정 상태와 중과 배제 및 유예 종료 관련 경과조치까지 함께 살펴야 합니다.

제97조의3 특례는 제97조의4 또는 제97조의5의 특례와 중복 적용할 수 없습니다. 제97조의3은 임대기간 중 양도차익에 50% 또는 70%를 적용하고, 제97조의4는 전체 보유기간의 양도차익을 대상으로 추가 공제율을 적용합니다. 두 특례를 모두 검토할 수 있다면 공제율과 공제 대상 양도차익을 함께 놓고 실제 공제액을 비교해야 합니다. 제97조의3은 양도차익에서 금액을 빼는 공제 제도이므로 이 특례에 따른 농어촌특별세는 부과되지 않습니다.

양도를 앞두고 있다면 임대사업자등록증, 세무서 사업자등록 자료, 최초 계약서와 갱신계약서, 말소 내역을 모아 날짜순으로 확인해 보시기 바랍니다. 특례를 적용받으려면 양도소득세 예정신고 또는 확정신고와 함께 과세특례 적용신청서를 제출해야 합니다.