입주권 비과세 적용시 주의점

재개발·재건축으로 살던 집이 조합원입주권으로 바뀐 뒤, 새집이 완공되기 전에 입주권을 팔면 양도소득세는 어떻게 될까요? 조합원입주권은 정비사업을 통해 지어질 주택에 조합원으로서 입주할 수 있는 권리입니다. 일정 요건을 충족하면 입주권을 팔 때도 「소득세법」 제89조 제1항 제4호에 따라 양도소득세 비과세 특례를 적용받을 수 있습니다.

비과세 여부를 판단할 때는 두 시점을 살펴봅니다. 먼저 입주권으로 바뀌기 전 주택의 보유·거주 요건을 확인합니다. 그다음 입주권을 파는 날 세대가 보유한 주택과 분양권을 확인합니다. 비과세 요건을 충족해도 실제 매매가격이 12억 원을 초과하면 그 초과분에 해당하는 양도차익에 세금이 부과됩니다.

1. 어떤 조합원입주권이 대상인가요?

대표적으로 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발·재건축 사업에서 관리처분계획인가를 받아 취득한 조합원입주권이 대상입니다. 관리처분계획인가는 종전 부동산을 어떻게 평가하고 새 주택을 조합원에게 어떻게 배정할지 정한 계획을 관할 관청이 승인하는 절차입니다.

「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 사업도 포함됩니다. 소규모재건축사업은 종전 건물과 그에 딸린 토지를 제공하고 2018년 2월 9일 이후 취득한 입주권이 대상에 포함됩니다. 자율주택정비사업·가로주택정비사업·소규모재개발사업은 2022년 1월 1일 이후 취득한 입주권부터 포함됩니다. 사업 유형에 해당하더라도 비과세를 받으려면 종전 주택과 양도일의 보유 요건을 각각 충족해야 합니다.

2. 종전 주택은 얼마나 보유하고 거주해야 하나요?

재개발·재건축은 관리처분계획인가일, 소규모주택정비사업은 사업시행계획인가일을 기준으로 종전 주택의 요건을 판단합니다. 인가 전에 종전 주택이 철거됐다면 철거일이 기준입니다. 종전 주택은 원칙적으로 2년 이상 보유해야 합니다. 2017년 8월 3일 이후 취득했고 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택이라면, 원칙적으로 보유기간 중 2년 이상 실제로 거주해야 합니다. 칼럼에서 인용한 기획재정부 해석은 인가일에 세대가 보유한 주택이 반드시 한 채여야 하는 것은 아니라고 보았습니다.

인가 후에도 집이 철거되지 않아 실제로 거주한 경우에는 별도로 살펴볼 여지가 있습니다. 참고 칼럼은 이런 사례에서 철거일까지를 보유기간에, 실제 퇴거일까지를 거주기간에 반영하는 해석을 소개합니다. 철거 전에 이미 폐가 상태가 됐다면 실제 퇴거일이 보유기간의 판단에도 영향을 줄 수 있습니다. 이 해석을 적용하려면 인가일 이후 주거용으로 사용했는지와 실제 퇴거일을 확인해야 합니다.

3. 입주권을 파는 날 다른 주택이나 분양권이 있으면 어떻게 되나요?

원칙적으로 입주권을 파는 날 세대가 다른 주택이나 세법상 함께 따져야 하는 분양권을 보유하고 있으면 비과세 적용이 어렵습니다. 분양권은 일반 분양 등을 통해 주택을 공급받을 수 있는 권리입니다. 분양권 보유 제한은 2022년 1월 1일 이후 취득한 조합원입주권을 양도할 때 같은 날 이후 취득한 분양권을 대상으로 적용합니다. 그 전에 취득한 조합원입주권에는 종전 규정이 적용됩니다.

법에서 정한 예외도 있습니다. 팔려는 조합원입주권 1개와 주택 1채를 보유하고 있고 적용 대상 분양권이 없다면, 그 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 입주권을 팔 때 비과세 특례를 적용받을 수 있습니다. 3년 안에 팔지 못했더라도 시행령에서 정한 사유에 해당하면 예외가 인정될 수 있습니다.

상속주택, 등록임대주택 사업자의 거주주택, 이농·귀농주택, 문화재주택에는 주택을 팔 때 적용하는 별도 특례가 있습니다. 참고 칼럼은 이런 주택이 조합원입주권을 팔 때는 ‘다른 주택’에 해당할 수 있다고 설명합니다. 칼럼은 또한 「조세특례제한법」에서 주택 수 제외를 정한 일부 특례주택, 부모를 모시거나 혼인하면서 세대를 합친 경우, 판매 목적으로 보유하는 사업용 재고주택의 사례를 소개합니다. 이런 예외는 해당 조문과 해석에서 정한 사실관계에 따라 판단해야 합니다.

4. 12억 원을 넘는지 판단할 때 추가분담금도 포함하나요?

비과세 요건을 충족한 입주권의 실제 양도가액, 즉 실제로 판 가격이 12억 원 이하라면 비과세 대상입니다. 12억 원을 초과하면 전체 양도차익 중 양도가액에서 12억 원을 뺀 금액이 전체 양도가액에서 차지하는 비율만큼 과세 대상 양도차익을 계산합니다. 양도차익은 판 가격에서 취득가액과 세법상 인정되는 비용 등을 뺀 이익을 뜻합니다.

추가분담금은 조합원이 새 주택을 배정받으면서 조합에 추가로 내는 돈입니다. 양도일에 납입기일이 아직 지나지 않았고 매수인이 부담할 추가분담금은 양도가액에 포함하지 않습니다. 계약서에 이 금액이 매매대금과 함께 적혀 있다면 납입기일과 실제 부담 주체를 확인하고, 해당 금액을 제외한 뒤 12억 원을 초과하는지 판단합니다.

5. 장기보유 특별공제는 어느 부분에 적용되나요?

장기보유 특별공제는 일정 요건을 충족한 자산의 양도차익에서 보유기간 등에 따라 일정 금액을 빼는 제도입니다. 종전 주택이 조합원입주권으로 바뀐 뒤 이를 팔 때는 공제 요건을 충족하더라도 관리처분계획인가 또는 사업시행계획인가 전에 발생한 종전 토지·건물의 양도차익에만 공제가 적용됩니다. 인가 후 입주권 상태에서 발생한 차익은 공제 대상에서 제외됩니다.

참고 칼럼은 인가가 났지만 종전 주택이 아직 철거되지 않았고 조합원 분양계약도 체결되지 않아, 매매계약서에 거래 대상을 ‘주택’으로 기재한 사례를 소개합니다. 이때 계약서 표지만 보고 일반 주택 양도로 신고하면 인가 이후의 차익까지 공제해 세금을 추가로 낼 수 있습니다. 거래 대상을 확인하려면 인가일, 계약서 특약란의 입주권 관련 문구, 등기사항증명서와 신탁 관련 기록을 함께 살펴보는 것이 좋습니다.

6. 종전 건물이 상가와 주택을 함께 쓴 건물이라면요?

한 건물에 주택과 상가 등 다른 용도의 공간이 함께 있으면 겸용주택이라고 합니다. 참고 칼럼은 전체 입주권 양도가액이 12억 원 이하이고 종전 건물의 주택 연면적이 주택 외 연면적보다 크면, 다른 비과세 요건을 충족하는 경우 전체를 주택으로 보아 비과세할 수 있다고 설명합니다. 두 면적이 같거나 주택 면적이 더 작으면 주택 부분을 따로 계산합니다. 또 2022년 1월 1일 이후 양도한 거래로 전체 양도가액이 12억 원을 초과하면, 주택 연면적이 더 크더라도 주택 부분에 대해서만 비과세 적용 범위를 따집니다.

주택과 상가에 적용하는 비과세 범위와 장기보유 특별공제율은 다를 수 있습니다. 이때 각 부분에 해당하는 양도차익을 나눠 계산하는 것을 안분이라고 합니다. 칼럼이 인용한 국세청 해석은 계약서에서 각 부분의 양도가액을 구분하기 어려운 경우 종전 건물과 그에 딸린 토지의 평가액을 기준으로 나누도록 안내합니다(재산-1120, 2009. 12. 28.).

7. 새로 산 입주권이 주택으로 완공된 뒤 기존 입주권을 팔았다면요?

비과세 요건을 충족하는 종전 주택에서 비롯된 입주권을 가진 세대가 새 조합원입주권을 취득했다고 가정해 보겠습니다. 새 입주권이 주택으로 완공된 뒤 그 주택의 세법상 취득일부터 3년 이내에 기존 입주권을 팔면, 다른 요건을 충족하는 경우 비과세 특례를 적용할 수 있다는 기획재정부 해석이 있습니다(재산세제과-50, 2023. 1. 10.). 이 사례에서 3년의 기준은 새 입주권을 산 날이 아닌 완공된 주택의 세법상 취득일입니다.

8. 새 주택에 딸린 토지 면적이 늘었다면요?

부수토지는 주택에 딸린 토지를 말합니다. 참고 칼럼은 입주권 상태에서 팔 때는 새 주택의 부수토지 면적이 종전보다 넓어졌더라도 늘어난 부분에 대해 별도로 비과세 보유 요건을 갖출 필요가 없다고 설명합니다. 새 주택이 완공된 뒤 주택을 파는 경우에는 늘어난 토지 부분의 보유 요건을 별도로 판단한다고 설명합니다.

9. 두 주택이 입주권 하나로 바뀌었다면요?

한 세대가 2년 이상 보유한 주택 두 채가 모두 같은 재개발사업에 포함되어 조합원입주권 하나로 바뀌는 경우가 있습니다. 국세청은 이 입주권을 팔 때 비과세 요건을 충족하면 납세자가 비과세를 적용할 종전 주택 한 채를 선택할 수 있다고 해석했습니다. 나머지 주택과 그에 딸린 토지의 양도차익은 과세 대상입니다. 입주권을 팔기 전에 새 주택 한 채를 취득하고 그 취득일부터 3년 이내에 입주권을 양도한 사례에도 같은 취지로 해석했습니다(서면법령해석재산 2015-1770, 2016. 1. 22.).

10. ‘1+1’ 입주권 두 개를 같은 날 팔았다면요?

종전 주택 한 채에 대해 새 주택 두 채를 배정받는 경우를 흔히 **‘1+1 입주권’**이라고 합니다. 참고 칼럼에서 인용한 국세청 해석은 두 입주권을 같은 날 양도한 사례에서, 비과세 요건을 충족하면 납세자가 선택한 입주권 한 개에만 비과세를 적용할 수 있다고 보았습니다(부동산거래관리-20, 2013. 1. 17.).

조합원입주권 매도를 앞두고 있다면 정비사업 인가일, 종전 주택의 취득일과 실제 거주기간, 양도일 현재 세대의 주택·분양권 보유 현황, 추가분담금 납입 일정부터 확인해 보시기 바랍니다. 종전 건물이 겸용주택이거나 한 채가 두 입주권으로 바뀐 경우에는 계약 전에 어느 부분까지 비과세를 적용할 수 있는지 검토하는 편이 좋습니다.