장기보유특별공제 적용시 주의점

부동산을 오래 보유했다가 팔면 여러 해에 걸쳐 오른 가격이 매도 시점에 한꺼번에 양도차익으로 잡힙니다. 양도차익은 부동산을 판 금액에서 취득에 든 금액과 세법이 인정하는 비용을 뺀 이익입니다. 장기보유특별공제는 장기간에 걸친 가격 상승과 물가 상승의 영향을 고려해, 일정 요건을 충족한 부동산의 양도차익 일부를 빼 주는 제도입니다.

공제율은 보유기간뿐 아니라 주택 수, 실제 거주기간, 임대 이력, 양도 당시 부동산의 용도에 따라 달라집니다. 아래에서는 2026년 11월 14일 기준으로 기본 공제율과 사례별 적용 기준을 살펴봅니다.

1. 장기보유특별공제율은 어떻게 달라지나요?

세법상 거주자가 3년 이상 보유하고 보유기간 중 2년 이상 거주한 1세대 1주택. 요건을 갖춘 일시적 2주택 등 포함

보유기간에 따른 공제율은 연 4%로 최대 40%, 거주기간에 따른 공제율도 연 4%로 최대 40%. 합계 최대 80%

세법상 거주자인지는 국내 주소나 거소 등 생활관계를 기준으로 판단합니다. 해외 이주로 출국한 뒤 2년 이내에 집을 팔아 1세대 1주택 비과세 특례를 받더라도, 양도일 현재 비거주자라면 고가주택의 과세 대상 양도차익에는 공제 요건을 충족하는 범위에서 표 1을 적용합니다. 해외 이주 사례에서는 비과세 특례와 공제율을 각각 확인해야 합니다(조심 2021서924, 2021. 8. 25.).

장기일반민간임대주택 등의 70% 공제 특례

「조세특례제한법」 제97조의3에 따라, 거주자가 민간건설임대주택을 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 2027년 12월 31일까지 등록하고, 10년 이상 임대하는 등 법정 요건을 충족하면 임대기간에 해당하는 양도차익에 70% 공제율을 적용합니다. 종전 규정의 적용을 받는 등록분은 임대기간이 8년 이상이면 50%, 10년 이상이면 70%를 적용받을 수 있습니다. 이 경우에는 임대주택의 유형과 등록 시기에 따른 경과규정을 확인해야 합니다.

주택을 보유하다가 중간에 임대주택으로 등록했다면, 전체 양도차익 중 임대기간에 해당하는 금액을 따로 계산합니다. 이때 기준시가, 즉 세법에서 정한 평가액의 변동분을 기준으로 양도차익을 나누고, 임대기간에 해당하는 부분에 특례 공제율을 적용합니다.

6년 이상 임대한 장기임대주택의 추가 공제

「조세특례제한법」 제97조의4에 따른 별도의 특례도 있습니다. 거주자 또는 비거주자가 법에서 정한 임대주택을 6년 이상 임대한 뒤 양도하고 다른 요건도 충족하면, 일반 공제율에 임대기간별 추가 공제율을 더할 수 있습니다. 추가 공제율은 6년 이상 7년 미만이면 2%포인트이며, 임대기간에 따라 높아져 10년 이상이면 최대 10%포인트입니다.

2. 본인이 2년 거주하지 않아도 표 2를 적용할 수 있나요?

상생임대주택. 2021년 12월 20일부터 2026년 12월 31일까지 상생임대차계약을 체결하고 임대를 시작한 경우, 직전 계약 대비 임대료나 임대보증금 인상률이 5% 이하이고 직전 계약으로 1년 6개월 이상, 상생임대차계약으로 2년 이상 임대하는 등 요건을 갖추면 표 2 적용에 필요한 2년 거주 요건을 면제받을 수 있습니다. 거주기간에 따른 공제율은 실제 인정되는 거주기간에 따라 계산하므로, 거주기간이 2년 미만이면 표 2의 보유기간에 따른 공제율만 적용됩니다.

상생임대차계약의 임대기간이 끝난 뒤 양도할 수 있는 기한도 확인해야 합니다. 현행 규정상 임대기간 종료일부터 1년이 되는 날과 2029년 12월 31일 중 빠른 날까지 양도해야 합니다. 임대기간이 2026년 12월 31일 이전에 끝나는 경우에는 2027년 12월 31일까지 양도할 수 있습니다.

공동상속주택. 여러 상속인이 지분을 나누어 받은 주택이 「소득세법 시행령」 제155조 제3항에 해당하면, 표 2의 거주기간은 그 주택에 거주한 공동상속인 중 가장 오래 거주한 사람의 기간으로 판단합니다. 따라서 소수 지분을 가진 상속인이 직접 거주하지 않았더라도, 다른 공동상속인의 거주기간으로 2년 요건을 충족할 수 있습니다.

근무상 사정으로 양도인만 거주하지 못한 경우. 참고 칼럼이 인용한 국세청 해석에서는 양도인에게 근무상 형편 등 부득이한 사유가 있는 경우, 나머지 세대원이 실제 거주한 기간을 세대의 거주기간으로 보아 표 2의 2년 요건을 판단했습니다(사전법령해석재산 2020-1054, 2020. 12. 7.).

3. 보유기간은 언제부터 계산하나요?

보유기간은 원칙적으로 취득일부터 양도일까지입니다. 증여받은 부동산이나 재개발·재건축을 거친 주택은 다음과 같이 계산할 수 있습니다.

• 증여받은 부동산에 이월과세가 적용되는 경우. 취득가액 이월과세는 부동산을 증여받은 사람이 양도할 때, 증여한 사람이 당초 취득한 금액을 기준으로 양도차익을 계산하는 제도입니다. 배우자나 직계존비속에게서 증여받은 부동산을 증여일로부터 10년 이내에 양도해 이월과세가 적용되면, 공제에 필요한 보유기간도 증여자의 취득일부터 계산합니다. 2022년 12월 31일까지 받은 증여분에는 종전의 5년 기준을 적용합니다.
• 청산금을 내고 재개발·재건축이 끝난 주택을 파는 경우. 청산금은 새 주택을 배정받는 과정에서 기존 부동산 평가액과의 차이 등을 정산한 금액입니다. 기존 부동산에 해당하는 양도차익은 기존 부동산 취득일부터 신축주택 양도일까지, 납부한 청산금에 해당하는 양도차익은 관리처분계획 등 인가일부터 신축주택 양도일까지를 기준으로 공제에 필요한 보유기간을 계산합니다. 관리처분계획인가는 조합원의 종전 부동산을 평가하고 새 주택 배정과 비용 정산 기준을 정한 계획이 인가되는 절차입니다.
• 리모델링으로 증축한 고가주택을 파는 경우. 참고 칼럼이 인용한 기획재정부 해석에서는 「주택법」상 리모델링에 해당하고 각 세대의 주거전용면적을 30% 이내에서 늘린 사례에서, 공제액과 양도소득세율을 계산할 때 리모델링 전후 면적을 구분하지 않았습니다(기획재정부재산-429, 2023. 3. 10.).

4. 완공 전에 조합원입주권을 팔면 공제받을 수 있나요?

조합원입주권은 재개발·재건축 등에서 조합원이 새 주택을 배정받을 수 있는 권리입니다. 기존 부동산을 제공해 조합원입주권을 취득한 사람이 그 입주권을 팔면, 요건을 충족하는 경우 관리처분계획 등 인가 전의 기존 토지·건물에 해당하는 양도차익에 공제를 적용합니다. 공제에 필요한 보유기간 역시 기존 부동산을 취득한 날부터 인가일까지 계산합니다.

재개발·재건축에서는 관리처분계획이 인가되면 기존 주택이 아직 철거되지 않았거나 분양계약을 맺기 전이라도 조합원입주권을 양도하는 경우가 있습니다. 매매계약서에 ‘주택’으로 표시되어 있어도 인가일과 양도 당시 권리 상태를 확인해야 공제기간을 정확히 계산할 수 있습니다.

5. 양도차익과 양도차손이 함께 생기면 무엇부터 계산하나요?

건물과 부수토지를 함께 파는 경우. 부수토지는 건물에 딸린 토지입니다. 건물에서 양도차손, 즉 세법상 계산한 손실이 나고 토지에서 양도차익이 났다면, 공제 요건을 갖춘 토지의 양도차익에 장기보유특별공제를 먼저 적용합니다. 이후 토지의 양도소득금액과 건물의 손실을 서로 상계합니다. 이렇게 계산하면 토지의 이익에서 건물의 손실을 먼저 뺀 뒤 공제하는 방식보다 공제액이 커질 수 있습니다.

재개발·재건축 후 완공된 주택을 파는 경우. 관리처분계획인가 직전에 기존 부동산을 샀다면 인가 당시 평가액이 취득가액보다 낮아 인가 전 구간에서 손실이 생길 수 있습니다. 이 경우 참고 칼럼의 필자는 인가 전 손실과 인가 후 이익 중 기존 부동산에 해당하는 부분을 먼저 합산해 기존 부동산의 손익을 계산하는 방식을 제시했습니다. 그다음 기존 부동산분과 청산금 납부분 중 이익이 난 부분에 공제를 적용한다는 견해입니다.

6. 장기보유특별공제가 배제되는 경우도 있나요?

취득 등기를 하지 않은 상태에서 양도해 세법상 미등기양도자산에 해당하거나, 다주택자가 조정대상지역 내 주택을 팔아 양도소득세 중과 대상이 되면 장기보유특별공제가 배제됩니다. 중과는 기본세율에 일정 세율을 더해 과세하는 것을 말합니다.

다주택자 양도소득세 중과의 일반 유예는 2026년 5월 9일 종료됐습니다. 다만 종료 전 매매계약을 체결했거나 토지거래허가를 신청한 거래 중에는 해당 경과 요건을 충족하면 중과 배제를 받을 수 있는 경우가 있습니다. 이때 장기보유특별공제 적용 여부는 소재지와 계약일, 허가 신청 여부, 잔금일 또는 등기일을 함께 확인해 판단합니다.

7. 주택과 상가가 한 건물에 있으면 어떻게 계산하나요?

2022년 1월 1일 이후 주택과 상가의 전체 실지거래가액이 12억 원을 초과하는 겸용주택을 팔면, 주택 면적이 상가 면적보다 크더라도 주택 부분을 기준으로 1세대 1주택 비과세를 판단합니다. 주택 부분에 과세되는 양도차익이 있고 표 2의 요건을 충족하면 해당 부분에 최대 80%의 공제율을 적용합니다. 상가 부분에는 공제 요건을 충족하는 경우 표 1의 공제율을 적용하며, 한도는 30%입니다.

8. 매매계약 후 잔금 전에 주택을 철거하거나 상가로 바꾸면 어떻게 되나요?

주택을 철거한 경우. 매매특약에 따라 잔금 전에 주택을 철거한 사례에 대해, 기획재정부는 양도일의 실제 상태를 기준으로 판단했습니다. 양도일에 건물 없이 토지만 남아 있다면 토지 양도로 보아 1세대 1주택 비과세 및 표 2 공제를 적용할 수 없습니다(기획재정부 재산세제과-1543, 2022. 12. 20.).

계약에 따라 주택을 상가 등으로 용도변경한 경우. 현행 「소득세법 시행령」은 매매계약 체결 후 그 계약에 따라 주택을 주택 외 용도로 변경해 양도하는 경우, 1세대 1주택 비과세와 표 2 적용을 위한 1세대 1주택 해당 여부를 매매계약일 기준으로 판단하도록 규정합니다. 과거 계약에 대해서는 계약 체결일에 적용되는 규정과 예규를 확인해야 합니다.

9. 먼저 근린생활시설로 바꾸어 사용하다가 팔면 어떻게 되나요?

근린생활시설은 소매점 등 주민의 일상생활에 필요한 시설을 말합니다. 주택을 근린생활시설로 바꾸어 사용한 뒤 매매계약을 체결한 경우, 참고 칼럼이 인용한 국세청 해석에서는 용도변경 당시의 주택 보유 상황에 따라 다음과 같이 판단했습니다.

장기보유특별공제를 계산할 때는 먼저 무엇을 양도했는지 확인하고, 그 자산에 적용되는 보유기간과 공제율을 순서대로 살펴보는 것이 좋습니다. 임대등록, 정비사업, 용도변경이 있었다면 등록일이나 인가일, 매매계약일과 양도일을 함께 확인해야 적용 기준을 정확히 판단할 수 있습니다.