주택임대등록이 말소되는 경우 비과세 및 다주택 중과배제 여부

등록임대주택을 보유하고 있다면, 임대주택 등록이 언제 어떤 사유로 말소됐는지에 따라 양도소득세가 달라질 수 있습니다. 특히 거주주택을 먼저 팔았는지, 임대주택 등록이 말소된 뒤에 팔았는지에 따라 적용하는 규정이 달라집니다.

2020년 8월 18일 개정된 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라, 당시 폐지된 유형인 종전의 단기민간임대주택과 장기일반민간임대주택 중 아파트를 매입해 임대하는 주택은 임대의무기간이 끝나면 등록이 자동말소됩니다. 이때 아파트에 해당하는 도시형 생활주택은 제외됩니다. 임대의무기간 중에는 임대사업자가 자진말소를 신청할 수 있습니다. 신청 당시 임대차계약이 있으면 임차인의 동의가 필요하며, 아래에서 다루는 자진말소 세제 특례를 받으려면 임대의무기간의 절반 이상을 임대해야 합니다. 재개발·재건축이나 소규모주택정비사업으로 임대주택이 철거되는 경우에는 관할 지방자치단체가 등록을 직권말소할 수 있습니다.

1. 거주주택 비과세 특례

거주주택 비과세 특례는 일정 요건을 갖춘 장기임대주택과 본인이 사는 주택을 함께 보유한 세대가 거주주택을 팔 때, 그 거주주택을 1세대 1주택으로 보아 비과세 규정을 적용하는 제도입니다. 거주주택에서 2년 이상 거주해야 하며, 임대주택과 거주주택의 다른 요건도 함께 충족해야 합니다.

거주주택을 먼저 팔았다면 임대기간을 채우기 전에도 특례를 적용받을 수 있습니다. 이후 임대기간 요건을 충족했는지 확인하는 절차를 사후관리라고 합니다. 요건을 충족하지 못하면 비과세로 내지 않았던 세금을 신고·납부해야 할 수 있습니다. 다만, 법에서 정한 자동말소나 임대의무기간의 절반 이상을 채운 자진말소는 말소일에 세법상 임대기간 요건을 충족한 것으로 봅니다. 재개발·재건축 등으로 직권말소된 경우에는 새로 취득한 주택의 유형과 등록 여부, 법령에 따라 계산한 임대 공백 기간 등 사후관리 예외 요건을 따로 확인해야 합니다.

임대주택 등록이 먼저 말소됐다면 법에서 정한 자동말소 또는 임대의무기간의 절반 이상을 채운 자진말소의 경우, 말소 후 5년 이내에 거주주택을 팔면 임대기간 요건을 갖춘 것으로 봅니다. 장기임대주택을 2호 이상 임대했다면 가장 먼저 등록이 말소된 주택의 말소일부터 5년을 계산합니다. 반면, 재개발·재건축으로 인한 직권말소에는 이 5년 특례가 적용되지 않습니다. 참고 칼럼은 임대기간을 채우기 전에 직권말소된 뒤 거주주택을 판 사례에서 비과세 특례를 적용할 수 없다고 본 국세청 회신을 소개합니다.

2. 다주택자 양도소득세 중과배제

중과배제는 다주택자에게 적용되는 가산세율을 적용하지 않는다는 뜻입니다. 일정 요건을 갖춘 등록임대주택이 중과배제 대상이 될 수 있고, 법에서 정한 중과배제 주택을 제외하고 남은 주택이 한 채라면 그 일반주택도 중과배제 대상이 될 수 있습니다. 다만, 이미 주택을 보유한 세대가 2018년 9월 14일 이후 당시 조정대상지역에서 새로 취득한 주택은 장기일반민간임대주택으로 등록해도 원칙적으로 해당 중과배제를 받을 수 없습니다. 조정대상지역 공고 전 취득했거나, 공고 전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙되는 경우에는 예외가 적용될 수 있습니다.

일반주택을 먼저 팔았다면 임대기간을 채우기 전에도 중과배제를 적용받을 수 있고, 이후 사후관리 대상이 됩니다. 법에서 정한 자동말소나 임대의무기간의 절반 이상을 채운 자진말소에는 임대기간을 충족한 것으로 보는 규정이 있습니다. 재개발·재건축으로 직권말소된 경우에는 새로 취득한 주택과 임대 공백 기간 등 사후관리 예외 요건을 충족해야 합니다.

임대주택 등록이 먼저 말소됐다면 말소 사유와 어떤 주택을 파는지에 따라 적용 기한이 달라집니다.

• 자진말소의 경우, 임대의무기간의 절반 이상을 임대하고 다른 요건도 갖춘 임대주택은 말소 후 1년 이내에 팔아야 해당 중과배제를 적용받을 수 있습니다. 일반주택을 팔 때도 이 규정에 따라 임대주택을 중과배제 주택으로 보아 일반주택의 중과배제를 받으려면, 일반주택의 양도일을 기준으로 임대주택이 해당 요건을 충족하는지 확인해야 합니다.
• 자동말소의 경우, 법에서 정한 대상 주택은 말소일에 임대기간 요건을 충족한 것으로 봅니다. 다만 **2026년 10월 1일 시행된 개정 「소득세법 시행령」**에 따라, 적용 대상인 종전의 매입임대 아파트는 원칙적으로 2027년 12월 31일까지 양도해야 해당 중과배제를 적용받을 수 있습니다. 임대의무기간이 2027년 1월 1일 이후 끝나는 경우, 2027년 이후 조정대상지역으로 신규 지정되는 경우, 법에서 정한 정비사업 인가·지정 요건을 충족하는 경우에는 별도 기한이 적용될 수 있습니다.
• 직권말소의 경우, 임대기간을 채우기 전에 재개발·재건축으로 등록이 말소됐다면 자동말소나 자진말소에 관한 규정을 그대로 적용할 수 없습니다. 양도 시점에 적용되는 다른 중과배제 규정이 있는지 따로 살펴봐야 합니다.

3. 말소 후에도 임대 요건을 계속 지켜야 하나요?

기획재정부는 법에서 정한 자동말소 또는 자진말소 후 5년 이내에 거주주택을 파는 경우, 말소된 임대주택에 직접 들어가 살거나, 말소 후 임대료 증액 상한인 5%를 지키지 않았거나, 세무서 사업자등록을 유지하지 않았더라도 거주주택 비과세 특례를 적용할 수 있다고 해석했습니다(기획재정부 재산세제과-151, 2022. 1. 24.).

국세청은 법에서 정한 자동말소 후 임대주택 자체를 파는 경우에도, 말소 이후 종전 임대 요건을 계속 충족하지 않았다는 이유만으로 중과세율을 적용하지는 않는다고 해석했습니다(서면-2022-법규재산-0208, 2022. 3. 30.). 참고 칼럼은 자진말소에도 같은 해석이 가능하다는 견해를 제시했습니다. 이 국세청 회신이 직접 다룬 사례는 자동말소입니다.

4. 양도 순서를 정하기 전에 확인할 사항

다세대주택·다가구주택·오피스텔 등을 폐지 대상에 해당하지 않는 장기일반민간임대주택으로 등록했다면, 2020년 개정에 따른 자동말소나 자진말소 특례의 적용 대상에서 제외됩니다. 같은 형태의 주택이라도 종전의 단기민간임대주택으로 등록했다면 적용 여부가 달라질 수 있으므로, 임대사업자등록증에서 등록 유형을 먼저 확인해야 합니다.

재개발·재건축으로 임대주택 철거가 예정돼 있다면, 직권말소 전에 거주주택이나 일반주택을 파는 경우와 자진말소 요건을 갖춘 뒤 정해진 기한 안에 파는 경우를 비교해 볼 수 있습니다. 먼저 파는 경우에는 사후관리 예외 요건을, 자진말소하는 경우에는 실제 임대기간과 임차인 동의 여부를 확인해야 합니다. 상담 시 임대사업자등록증, 등록말소 통지서, 임대차계약서와 정비사업 일정을 함께 확인하면 어느 주택을 언제 팔아야 하는지 판단하는 데 도움이 됩니다.