임대주택 사업자의 거주주택 비과세 특례 적용시 주의사항.

등록 임대주택과 직접 살고 있는 집을 함께 보유하고 있다면, 거주주택을 팔 때 양도소득세가 어떻게 달라질까요? 임대주택과 거주주택이 각각 일정한 요건을 충족하면, 세법은 거주주택을 팔 때 국내에 주택 한 채를 보유한 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 규정을 적용합니다. 이를 ‘거주주택 비과세 특례’라고 합니다. 근거는 「소득세법 시행령」 제155조 제20항입니다.

특례 적용 여부에 따라 세액이 달라질 수 있습니다. 특히 임대주택 등록이 말소됐거나, 두 주택 중 하나가 재개발·재건축으로 입주권으로 바뀌었다면 어느 주택을 언제 파는지부터 확인해야 합니다. 아래 내용은 2026년 11월 14일 기준입니다.

1. 임대주택과 거주주택이 각각 갖춰야 할 요건

임대주택은 세무서에 사업자등록을 하고, 시·군·구청에 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자 등록을 해야 합니다. 두 곳에 등록한 뒤에도 세법에서 정한 임대주택 유형과 임대기간 등 해당 요건을 충족해야 합니다. 임대료나 임대보증금의 인상률은 5% 이하여야 하며, 이 요건은 2019년 2월 12일 이후 새로 체결하거나 갱신하는 임대차계약부터 적용됐습니다.

2020년 8월 18일 이후 등록을 신청한 장기일반민간임대주택의 법정 임대의무기간은 원칙적으로 10년입니다. 등록 시기와 유형에 따라 적용되는 기간이 달라질 수 있습니다. 현재는 별도로 도입된 6년형 단기민간임대주택도 세법상 요건을 충족하면 거주주택 특례의 대상이 될 수 있습니다.

거주주택은 원칙적으로 2년 이상 보유하고, 보유기간 중 실제로 거주한 기간을 합해 2년 이상이어야 합니다. 취득 당시 조정대상지역이었는지와 관계없이 적용되는 거주 요건입니다. 다만, 과거에 임대주택으로 등록했던 집이 법령상 ‘직전거주주택보유주택’에 해당한다면, 거주기간은 세무서 사업자등록과 시·군·구청 임대사업자 등록을 마친 이후부터 계산합니다.

2. 상생임대주택의 2년 거주 요건 예외

팔려는 주택이 「소득세법 시행령」 제155조의3에 따른 상생임대주택에 해당하면, 거주주택 특례를 적용할 때 2년 거주 요건을 면제받을 수 있습니다. 주요 요건은 다음과 같습니다.

• 주택을 취득한 뒤 소유자가 직접 맺은 직전 임대차계약에 따라 1년 6개월 이상 임대해야 합니다. 집을 사면서 이전 집주인에게서 승계한 계약은 직전 임대차계약에서 제외합니다.
• 직전 계약보다 임대보증금 또는 임대료를 5% 이하로 올린 상생임대차계약을 2021년 12월 20일부터 2026년 12월 31일까지 체결해야 합니다. 계약금을 받은 사실이 증빙서류로 확인돼야 하며, 해당 계약에 따라 실제로 임대를 시작해 2년 이상 임대해야 합니다.

계약 체결기한과 주택 양도기한은 따로 봐야 합니다. 2026년 10월 1일 시행된 개정에 따라, 주택은 상생임대차계약에 따른 임대기간 종료일로부터 1년이 되는 날과 2029년 12월 31일 중 빠른 날까지 양도해야 합니다. 임대기간이 2026년 12월 31일 전에 끝나는 경우에는 2027년 12월 31일까지 양도할 수 있습니다.

3. 거주주택이 조합원입주권으로 바뀐 뒤 파는 경우

조합원입주권은 재개발·재건축 사업의 조합원이 새 주택에 입주할 수 있는 권리입니다. 거주주택이 관리처분계획 인가로 조합원입주권으로 바뀐 뒤 이를 팔면, 기존 건물이 아직 철거되지 않았더라도 거주주택 비과세 특례는 적용되지 않습니다.

조세심판원은 거주주택 비과세 특례를 입주권 양도에 적용할 수 없다고 판단했습니다. 입주권 자체의 비과세 가능성은 「소득세법」 제89조 제1항 제4호에 따른 별도 요건으로 판단합니다.

4. 임대주택이 조합원입주권으로 바뀐 뒤 거주주택을 파는 경우

임대주택이 조합원입주권으로 바뀌고, 팔려는 집은 거주주택으로 남아 있는 경우도 있습니다. 참고 칼럼이 인용한 국세청 서면해석(서면부동산 2017-313, 2017. 7. 19.)에서는 해당 사례의 거주주택에 특례를 적용할 수 있다고 보았습니다. 실제 거래에서는 입주권 전환일과 함께 거주주택을 파는 날의 임대사업자 등록 상태와 말소 여부를 확인해야 합니다.

5. 임대주택 등록이 말소됐다면 5년 기한을 확인하세요

임대의무기간을 이미 채웠더라도, 원칙적으로 거주주택을 파는 시점에 세무서 사업자등록과 시·군·구청 임대사업자 등록을 유지하고 해당 주택을 임대하고 있어야 합니다.

다만, 2020년 법 개정으로 폐지된 종전 4년형 단기임대주택과 장기일반민간매입임대주택 중 아파트에는 예외가 있습니다. 임대의무기간이 끝나 등록이 자동말소됐거나, 임대의무기간의 절반 이상을 채우고 법에서 정한 절차에 따라 자진말소했다면, 등록 말소 후 5년 이내에 거주주택을 양도할 때 특례를 적용받을 수 있습니다. 해당 임대주택이 두 채 이상이면 최초 등록 말소를 기준으로 5년을 계산합니다.

재개발·재건축으로 임대주택이 철거돼 관할 관청이 직권말소한 경우에는 말소 근거를 확인해야 합니다. 재개발로 철거된 사례에 대해 국세청은 정해진 요건을 충족하고 등록이 말소되기 전에 거주주택을 팔면 특례를 적용할 수 있다고 회신했습니다(서면법규재산 2021-6402, 2022. 3. 28.). 또 폐지된 임대주택 유형으로서 자진말소 요건을 갖추고 임대의무기간의 절반 이상을 채운 사례에서는, 철거 후 자진말소한 경우에도 5년 규정을 적용할 수 있다고 보았습니다. 따라서 철거 여부와 함께 등록이 언제, 어떤 근거로 말소됐는지 확인해야 합니다.

6. 자동말소·자진말소 이후에도 임대 요건을 지켜야 할까요?

기획재정부는 적격 자동말소·자진말소 후 5년 이내에 거주주택을 양도하는 사례에서, 말소 후 다음과 같은 사정이 생겼더라도 특례를 적용할 수 있다고 해석했습니다(기획재정부 재산세제과-151, 2022. 1. 24.).

• 종전 임대주택으로 이사해 직접 살면서 해당 주택을 더 이상 임대하지 않는 경우
• 종전 임대주택의 임대료 인상률을 5% 이하로 유지하지 않은 경우
• 세무서 사업자등록을 유지하지 않은 경우

7. 거주주택을 먼저 팔고 남은 임대주택을 파는 경우

두 채 중 한 채를 임대주택으로 등록하고, 직접 살던 집을 먼저 팔아 거주주택 특례를 받았다고 가정해 보겠습니다. 이후 임대의무기간을 채우고 마지막 남은 임대주택을 팔 때는 그 주택의 1세대 1주택 비과세 요건을 다시 살펴야 합니다.

남은 집이 법령상 직전거주주택보유주택에 해당하면, 먼저 판 거주주택의 양도일 이후 기간에 해당하는 양도차익에 대해서만 1세대 1주택 비과세 규정을 적용합니다. 양도차익은 주택을 팔아 얻은 이익을 세법에 따라 계산한 금액입니다. 임대주택을 팔기 전에는 그 집을 보유하는 동안 다른 거주주택을 언제 팔았고, 당시 특례를 적용받았는지 확인해야 합니다.

8. 거주주택 비과세 특례를 포기할 수 있을까요?

남은 임대주택의 양도차익이 더 크다면, 처음 파는 거주주택에 대해 세금을 내고 나중에 임대주택의 전체 보유기간에 대해 비과세를 받는 편이 유리하다고 생각할 수 있습니다. 그러나 국세청은 특례 요건을 충족한 거주주택에 대해 납세자가 과세를 선택할 수 없다고 해석했습니다(사전법령해석재산 2019-201, 2019. 9. 23.). 이 해석에 따르면 나중에 파는 임대주택의 비과세 범위는 앞서 거주주택을 양도한 이후 기간에 해당하는 양도차익으로 제한됩니다.

한편, 참고 칼럼에서 이재홍 세무사는 임대주택 공급을 지원하기 위한 특례가 오히려 납세자에게 불리하게 작용한다면, 특례를 포기할 수 있도록 해석하는 편이 합리적이라는 의견을 제시했습니다.

9. 생애 1회 제한은 2025년 양도분부터 폐지됐습니다

2019년 개정 당시에는 장기임대주택 보유자의 거주주택 비과세 특례를 원칙적으로 생애 한 차례로 제한했습니다. 당시 규정을 적용할 때는 2019년 2월 12일 이후 취득한 주택에 대한 특례 적용 이력뿐 아니라, 그 전에 이미 특례를 적용받은 이력도 함께 확인해야 했습니다.

이후 제도가 개정돼 2025년 2월 28일 이후 양도하는 거주주택부터는 생애 1회 제한이 폐지됐습니다. 현재 거래는 양도일을 기준으로 현행 요건을 확인하고, 그 전에 이뤄진 거래는 아래의 경과규정까지 함께 살펴야 합니다. 경과규정은 법이 바뀔 때 일정한 기존 계약이나 거래에 이전 규정을 적용하도록 정한 조항입니다.

10. 종전 규정 사례 ① 거주할 집의 분양권을 먼저 취득한 경우

2019년 개정 당시에는 2019년 2월 12일 현재 거주하던 주택과 그 전에 거주주택을 취득하기 위해 계약금을 지급한 사실이 확인되는 주택에 종전 규정을 적용하는 경과규정이 있었습니다.

참고 칼럼이 소개한 국세청 해석에서는 장기임대주택을 보유하지 않은 상태에서 거주할 집의 분양권을 취득하고 계약금을 지급한 사례에 대해 경과규정을 적용할 수 없다고 보았습니다(서면법령해석재산 2020-1464, 2021. 3. 8.).

11. 종전 규정 사례 ② 임대할 집을 분양권 상태에서 등록한 경우

참고 칼럼이 소개한 다른 사례에서는 임대할 집을 분양권 상태에서 임대주택으로 등록했고, 2019년 2월 12일 이후 주택이 완공돼 임대를 시작했습니다. 국세청은 해당 사례에 종전 규정을 적용할 수 있다고 판단했습니다(서면법규재산 2022-3027, 2023. 7. 31.). 과거 거래를 검토한다면 분양권을 취득한 날짜와 함께 어느 주택을 임대주택으로 언제 등록했는지 확인해야 합니다.

12. 미성년자가 임대주택과 거주주택을 상속받은 경우

「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조의6에 따라 미성년자는 임대사업자로 등록할 수 없습니다. 기획재정부는 미성년자가 장기임대주택과 그 밖의 주택 한 채를 상속받은 뒤, 임대사업자 등록을 하지 못한 상태에서 그 밖의 주택을 팔면 거주주택 비과세 특례를 적용할 수 없다고 해석했습니다(기획재정부 재산세제과-194, 2023. 2. 2.).

거주주택을 팔기 전에는 임대주택 등록일과 말소 사유, 실제 거주기간, 앞서 판 거주주택의 양도일을 함께 확인해 보세요. 재개발·재건축이 진행 중이라면 관리처분계획 인가일도 중요합니다. 이 날짜들에 따라 현재 팔려는 집의 비과세 여부와 남은 임대주택을 나중에 팔 때의 비과세 범위가 달라질 수 있습니다.