수용시 이것만은 꼭 기억하자!

공익사업으로 토지나 주택을 넘기고 보상금을 받으면 원칙적으로 양도소득세 과세 대상이 됩니다. 사업시행자와 보상 조건에 합의해 부동산을 넘기는 협의매수와, 합의가 이루어지지 않아 법정 절차에 따라 소유권이 넘어가는 수용 모두 대가를 받고 자산을 넘기는 거래이기 때문입니다. 다만 양도일과 취득일, 보상 방식, 주택 보유 상황에 따라 감면이나 비과세를 적용받을 수 있습니다.

이 글은 조세금융신문에 실린 이재홍 세무사의 2022년 칼럼을 참고해, 2026년 11월 14일 기준으로 확인한 법령과 함께 정리했습니다.

1. 보상금을 받은 날보다 양도일이 앞설 수 있습니다

공익사업으로 부동산이 수용되면 보상금 지급이 마무리된 날, 수용개시일, 소유권이전등기 접수일 중 가장 빠른 날을 양도일로 봅니다. 수용개시일은 토지수용위원회가 재결에서 정한 수용 시작일입니다. 보상금을 전부 받기 전에 이전등기가 접수됐다면, 보상금 수령일을 기준으로 신고 기한을 계산하다가 기한을 놓칠 수 있습니다. 협의매수는 원칙적으로 대금 청산일을 따르되, 대금을 다 받기 전에 이전등기가 접수되면 등기접수일을 기준으로 합니다.

소유권에 관한 소송 때문에 보상금이 공탁된 경우에는 예외적으로 그 소송의 판결 확정일을 양도일로 봅니다. 공탁은 보상금을 직접 지급하는 대신 공탁기관에 맡기는 절차입니다.

2. 공익사업용 토지 등의 양도소득세 감면

「조세특례제한법」 제77조에 따른 감면을 받으려면 공익사업을 공식적으로 알린 사업인정고시일부터 거슬러 올라가 2년 이전에 토지 등을 취득해야 합니다. 고시 전에 양도했다면 양도일을 기준으로 2년을 계산합니다. 현행 조문상 적용기한은 2026년 12월 31일입니다.

35%와 45% 감면율은 「공공주택 특별법」 등 시행령에서 정한 법률에 따른 사업에서 채권 보유 약정 요건까지 충족한 경우에 적용됩니다. 실제 감면액을 계산할 때는 「조세특례제한법」 제133조의 감면 한도도 함께 확인해야 합니다.

3. 비사업용 토지에서 제외되는 취득 시기

비사업용 토지는 보유 기간 중 토지를 실제로 어떻게 사용했는지 등 세법상 기준에 따라 판단하는 토지입니다. 비사업용 토지로 분류되면 양도소득세가 중과될 수 있지만, 공익사업으로 협의매수되거나 수용되는 토지에는 아래와 같은 예외가 있습니다.

상속받은 토지는 재산을 물려준 분이 토지를 취득한 날을 기준으로 합니다. 가족에게 증여받은 뒤 「소득세법」 제97조의2 제1항에 따른 이월과세가 적용되는 토지는 증여한 배우자나 직계존비속이 취득한 날을 기준으로 합니다.

4. 1세대 1주택의 보유·거주기간 요건

양도일 현재 국내에 주택 한 채를 보유한 세대라면, 사업인정고시 전에 취득한 주택과 부수토지, 즉 그 주택에 딸린 토지의 전부 또는 일부가 법에서 정한 방식으로 협의매수되거나 수용될 때 보유기간과 거주기간 요건을 적용하지 않습니다. 이 경우에도 고가주택 과세 등 나머지 요건은 별도로 판단합니다.

5. 새집을 먼저 마련한 경우의 일시적 2주택 특례

일시적 2주택 특례를 받으려면 원칙적으로 기존 주택을 취득한 뒤 1년 이상 지나 새 주택을 취득하고, 새 주택 취득일부터 정해진 기간 안에 기존 주택을 양도해야 합니다. 기존 주택이 사업인정고시 전에 취득한 주택으로서 법에서 정한 협의매수·수용 요건에 해당하면, 두 주택의 취득 간격이 1년 이상이어야 한다는 요건이 면제됩니다. 기존 주택의 처분기한은 별도로 적용됩니다.

2026년 10월 1일 시행된 개정 규정에 따르면, 새 주택을 취득할 때 기존 주택과 새 주택이 모두 조정대상지역에 있으면 처분기한은 원칙적으로 2년이며, 그 밖의 경우는 3년입니다. 2년 규정은 2026년 8월 4일 이후 새 주택을 취득하고 2026년 10월 1일 이후 기존 주택을 양도하는 경우부터 적용됩니다. 2026년 8월 3일까지 새 주택이나 그 취득 권리를 이미 취득했거나, 새 주택의 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙되는 경우에는 종전 규정이 적용됩니다. 조정대상지역 지정 공고 전에 취득하거나 계약금을 지급한 경우에도 별도 예외가 있습니다.

6. 일부만 수용된 뒤 남은 주택이나 토지를 파는 경우

사업인정고시 전에 취득한 주택과 부수토지의 일부가 법에서 정한 방식으로 협의매수되거나 수용된 뒤, 남은 주택이나 부수토지를 당초 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 팔면 그 매각분을 당초 양도 또는 수용에 포함해 1세대 1주택 비과세 여부를 판단합니다. 일시적 2주택 특례에도 잔여분에 관한 같은 취지의 규정이 있습니다.

7. 토지와 건물이 다른 시기에 수용되는 경우

주택과 그 부수토지가 서로 다른 시기에 협의매수되거나 수용되면 양도일은 토지와 건물별로 판단합니다. 고가주택 해당 여부와 과세할 양도차익을 계산할 때는 주택과 부수토지를 한 거래로 보아 보상액을 합산합니다.

참고 칼럼이 인용한 국세청 회신은 토지가 먼저 수용된 경우, 토지의 양도차익을 계산할 때 건물의 양도가액에 예상 보상액을 반영하는 방법을 안내합니다. 이후 건물의 실제 보상액이 달라지면 먼저 신고한 토지분의 세액도 달라질 수 있으므로, 확정된 보상액을 기준으로 신고 내용을 다시 검토해야 합니다.

8. 소송으로 보상금이 바뀐 경우의 신고와 비용 공제

양도소득세 확정신고를 마친 뒤 수용보상금에 관한 행정소송으로 보상액과 당초 신고한 양도소득금액이 달라질 수 있습니다. 이 경우 판결이 확정된 달의 말일부터 2개월 이내에 추가로 신고·납부하면 법정 확정신고 기한 안에 신고·납부한 것으로 봅니다.

보상금을 늘리기 위해 직접 지출한 소송비용이나 화해비용은 증빙이 있으면 필요경비, 즉 양도차익을 계산할 때 빼는 비용으로 인정받을 수 있습니다. 공제 한도는 보상금이 늘어난 금액이며, 이미 다른 소득을 계산할 때 비용으로 반영한 금액은 제외합니다.

9. 다주택자 양도소득세 중과 제외

2021년 2월 17일 이후 양도분부터 「조세특례제한법」 제77조에 따라 양도소득세가 감면되는 주택은 다주택자 양도소득세 중과, 즉 기본세율에 세율을 더하는 대상에서 제외됩니다. 따라서 수용된 주택의 중과 여부를 판단할 때는 사업인정고시일과 취득일을 대조해 제77조의 감면 요건을 충족하는지 먼저 살펴야 합니다.

10. 거주주택 비과세 후 임대주택이 수용되는 경우

임대주택을 보유한 상태에서 본인이 살던 주택을 팔아 거주주택 비과세 특례를 적용받은 뒤, 의무임대기간 중 임대주택이 법령에 따라 협의매수되거나 수용될 수 있습니다. 그 때문에 임대기간을 채우지 못했다면 세법상 임대를 계속한 것으로 보므로, 그 사유로 이미 비과세를 적용받은 거주주택의 양도소득세를 다시 걷지 않습니다. 근거는 「소득세법 시행령」 제155조 제22항 제2호 가목과 같은 법 시행규칙 제74조의2입니다.

11. 증여받은 부동산이 수용되는 경우

배우자나 직계존비속에게 증여받은 부동산을 일정 기간 안에 양도하면 이월과세가 적용될 수 있습니다. 이월과세가 적용되면 부동산을 넘긴 사람이 증여받을 때의 가액 대신, 증여자가 그 부동산을 처음 취득할 때 든 금액을 기준으로 양도차익을 계산합니다. 부동산의 경우 2023년 1월 1일 이후 증여분은 10년, 그 전에 증여받은 경우에는 종전의 5년 기준을 적용합니다. 다만 사업인정고시일부터 거슬러 2년 이전에 증여받았고 법에 따라 협의매수되거나 수용됐다면 이월과세를 적용하지 않습니다.

별도로, 특수관계인에게 증여한 뒤 다시 양도해 세 부담이 줄어드는 경우에는 부당행위계산 부인 규정을 검토합니다. 일정 요건을 충족하면 증여자가 직접 양도한 것으로 보아 세금을 계산하는 제도입니다. 수용에도 이 규정을 검토할 수 있으며, 2023년 1월 1일 이후 증여분은 10년 기준을 적용합니다. 다만 양도소득이 증여받은 사람에게 실질적으로 돌아간 경우에는 이 규정을 적용하지 않습니다.

12. 양도 당시 기준시가를 계산하는 특례

기준시가는 개별공시지가나 공시가격처럼 세법에서 부동산 가액을 산정할 때 사용하는 기준 금액입니다. 법에서 정한 협의매수·수용의 경우, 실제 보상액과 보상액 산정의 기초가 된 기준시가 중 작은 금액을 먼저 구합니다. 이 금액이 「소득세법」 제99조에 따른 양도 당시의 일반 기준시가보다 낮으면, 그 차액을 일반 기준시가에서 뺀 금액을 양도 당시 기준시가로 사용합니다.

공익사업 보상에 따른 양도소득세를 검토할 때는 사업인정고시일, 부동산 취득일, 보상금 지급일, 수용개시일, 등기접수일을 먼저 확인해 두시면 좋습니다. 같은 보상 건에서도 어떤 날짜를 기준으로 하느냐에 따라 신고 기한과 감면·비과세 적용 여부가 달라질 수 있습니다.